Dr. Sıla Özdemir’in dünyanın en prestijli bilimsel dergilerinden Journal of Biological Chemistry’de yayımlanan çalışması, kanserli hücrelerin yayılmasını önlemeye yönelik ilacın tasarlanmasında son derece önemli bir adım olarak değerlendiriliyor.
Koç Üniversitesi Kimya ve Biyoloji Mühendisliği’ndeki doktorasını “Academic Mükemmellik” ödülü alarak tamamlayan, 29 yaşındaki Dr. Sıla Özdemir, kanserli hücrelerin yayılmasını engelleyecek önemli bir araştırmaya imza attı. Kanserin oluştuktan sonra başka organlara yayılması anlamına gelen metastazda kilit rol oynayan RhoGTPases ve IQGAPs adlı iki protein grubunun etkileşimini araştıran Dr. Sıla Özdemir, her iki proteinin hangi noktalarda ve hangi sırayla birbirine bağlandıklarını tespit etti. Dr. Özdemir, bunun sonucunda oluşan kompleks yapıların kanserli hücrede metastazı tetikleyen mekanizmaları harekete geçirdiğini saptadı. Dünyanın en seçkin yayınlarından Journal of Biological Chemistry’de yayımlanan çalışma, kanserli hücrelerin yayılmasını önlemeye yönelik ilacın tasarlanmasında son derece önemli bir adım olarak değerlendiriliyor.
Yüksek lisansını tamamladıktan sonra doktora çalışmalarını bilgisayar hesaplamalı biyoloji alanında sürdürmeye karar veren Dr. Sıla Özdemir, 2014 yılında Koç Üniversitesi Kimya ve Biyoloji Mühendisliği doktora programına girdi. Burada, küçük GTPazlar ve onların etkileşimleri üzerine çalışmalar yapan Dr. Sıla Özdemir, metastazda kilit rol oynayan RhoGTPazlar ve IQGAPs adlı iki protein grubunun etkileşimini araştırmaya başladı.
İki “şüpheli” protein ailesi arasındaki etkileşim, yıllardır pek çok araştırmacı tarafından incelenmiş ancak bugüne kadar tam olarak anlaşılamamıştı. Metastazın nasıl oluştuğunu, oluşumunun engellenmesini ve kanserin kontrol altında tutulmasını sağlamak üzere araştırmalar yürüten Dr. Özdemir, bu kapsamda, gerekli olan çok sayıda olasılık hesaplarını ve hesaplamalı simülasyon tekniklerini güçlü bilgisayarlarla gerçekleştirdi. Aynı şekilde, bilgisayar ortamında hücredeki su yoğunluğu, iyonlar, proteinlerin üç boyutlu yapısı gibi birçok bileşenin bire bir taklit edildiği bir canlandırma oluşturdu.
Araştırma ABD’deki National Institutes of Health’te (NIH) kanser hücreleri üzerinde test edildi
Çalışma sonucu, söz konusu iki proteinin tam olarak nasıl etkileştiğini, hangi noktalarda bağlandığını, bu bağlanmanın proteinlerin şekillerinde ne tür değişikliklere yol açtığını gözlemleme fırsatı buldu. Altı ay boyunca doğru bağlantıyı bulmak için pek çok bağlanma noktasını içeren çok sayıda yapıyı bilgisayarla canlandırmak için çalıştı. Araştırmasıyla, RhoGTPazlar ve IQGAPs adlı iki protein grubunun hangi noktalarda ve hangi sırayla bağlandığını saptadı. Bunun sonucunda büyük olan proteinin kendi eşini bulduğunu ve iki kompleks yapının bir araya geldiğini belirleyen Dr. Özdemir, oluşan kompleks yapıların kanserli hücrede metastazı tetikleyen mekanizmaları harekete geçirdiğini saptadı.
Dr. Sıla Özdemir’in çalışması ABD’deki NIH’te (National Institutes of Health) bir başka araştırma grubu tarafından laboratuvar ortamında kanser hücreleri üzerinde test edildi ve bire bir örtüştükleri gözlemlendi. Bu sonuçla, Dr. Özdemir’in bilgisayar ortamında elde ettiği veriler deneysel ortamda da doğrulamış oldu. Dr. Sıla Özdemir’in çalışmasının kanserli hücrelerin yayılmasını engellemeye yönelik bir ilacın tasarlanmasına önemli katkısı olacağı belirtiliyor.
Dr Özdemir’in makalesi 2018 yılında dünyanın en saygın dergilerinden Journal of Biological Chemistry’de yayımlandıktan sonra 2019 yılında da derginin en etkili makalelerinin yer aldığı koleksiyonda yer aldı.
